Szkoła Podstawowa nr 39 realizuje następujące projekty unijne:
1. Projekt „Kompleksowa termomodernizacja budynku placówki oświatowej”;
2. Projekt „Rozwój elektronicznych usług publicznych w Gdyni”;
3. Projekt „Praktyka czyni mistrza – nowatorski program praktyk na studiach pedagogicznych
PWSNPS”;
4. Projekt „Pracownie komputerowe dla szkół”.
5. "Małe skrzydła, wysokie loty - program wsparcia szkół podstawowych w Gdyni" finansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego dla województwa pomorskiego na lata 2014 - 2020
