Szkoła Podstawowa nr 39 realizuje następujące projekty unijne:
1. Projekt "Kompleksowa termomodernizacja budynku placówki oświatowej";
2. Projekt "Opracowania usług usług w Gdyni";
3. Projekt "Praktyka czyni mistrza - nowatorski programming na studiach pedagogicznych
PWSNPS ";
4. Projekt "Pracownie komputerowe dla szkół".